鋼鐵與石化為南部重要的產業，1990年代由於工資與土地成本上漲、匯率升值，使得南台灣以代工為主的產業結構必須極力調整。在當時的經濟發展背景下，一方面，鋼鐵與石化下游產業，具有勞動力密集的特性，大量的企業外移至中國大陸與東南亞，尋求低廉的生產成本；根留台灣者，則是藉由引進外勞，滿足其低階勞動力需求。

另一方面，政府在南部的產業政策，則藉由發展中、上游產品資本密集產業，並藉由對外投資帶動國內的中間財原料需求，達到產業發展的政策目的。這樣的產業政策使得南部地區在全國百大企業中，僅占有16家，並且以鋼鐵及石化產業為主，再加上少數的光電半導體廠商。南部地區企業多達33萬家，但以小型企業居多，50人以下小型企業比例高達98.9%。

同期間，臺灣發展策略性產業，主要在北部地區引進資訊、電腦、電子相關產業，造成北部地區製造業快速的發展。而政府多半的時間認為台灣經濟要繁榮，非得發展半導體、面板及資通訊產業不可。在此一戰略思維下，除了政府給予大量的租稅獎勵外，過去十多年內，製造業投資總額，至少有60％~70％集中在電子零組件產業，大學一流的人才，也絡繹不絕地進入此一產業。電子零組件產業運用了製造業近70%的投資，及眾多一流的研發人力，所創造的生產毛額卻僅占製造業3成，所僱用的人力只占製造業2成，投入的資源與創造的附加價值、就業人數等成本效益不言而喻。

2014年南部製造業的前六大產業為：化學材料製造業、電子零組件製造業、基本金屬製造業、石油及煤製品製造業、金屬製品製造業以及食品製造業。就上述主力製造業研發投入占營業收入的比例來觀察，普遍來說，相同產業在南部地區的研發強度仍低於北部地區。例如，電子零組件製造業中，南部的研發強度為4.17%，北部則為6.50%；在化學材料製造業中，南部的研發強度為0.36%，北部則為0.71%；至於金屬製品製造業中，南部地區研發投入為0.21%，北部則為0.52%。顯見除產業結構為影響整體研發投入的因素外，即使在相同的產業中，南部地區仍處於研發弱勢的情況。

依據科技部(原國科會)的「臺灣地區第三次產業創新活動調查」資料，可以發現南部地區企業在內部研發、委託他人研究、取得新技術、取得外部知識以及研發人員培訓投入等研發創新活動的比例，均較北部地區企業為低。同時，在南北地區製造業技術創新活動共同面臨之影響因素為：公司財務困難，難以籌措外部資金、缺乏適當研究人力、缺乏技術資訊、缺乏市場資訊、缺乏創新夥伴，及面臨市場需求風險。而南部地區較北部地區製造業認為研發活動受阻較高比例之差異性因素可分為：公司用於創新的預算不足、創新成本過高、技術風險承擔力較弱、市場被壟斷競爭風險高、內需不足且難與國際競爭。此一結果主要是由於南部地區中小企業比例較高所致。

依據南部產業匯智聯盟匯集專家意見，認為南部地區企業研發弱勢的原因主要為：南部中小企業以代工為主，投入創新研發的廠商比重偏低；南部內銷為主的產業結構，導致研發意願較為低落；南部中小企業的研發型態多屬企業主單獨從事，選擇與外部機構共同研發之比例低，主要擔心產品技術遭到模仿；南部大型企業多數缺乏大型領導產業的能力及意願；產學研合作研發創新缺乏中介機構進行產業需求調查，並規劃可行媒合運作機制；南部廠商普遍缺乏政府產業輔導資訊、研發計畫書撰寫及執行能力，因此無法有效運用政府產業輔導資源。相關會議結論，也與科技部的調查結果相呼應。

要強化南部地區的產業競爭力，除了產業結構調整外，產業轉型升級也是重要手段。特別是如何透過研發投入，促進產業高值化更是一項重要的議題。企業的研發主要依賴於研發人員與研發經費的投入，以及相關產業資訊(包含市場、技術等)的掌握，以及產學研間的緊密合作。特別是南部以中小企業為主的產業結構，由於其企業規模偏小，衍生出人才不足、風險承擔能力低等不利於研發投入的特性，因此，改善中小企業的研發環境應是政府政策介入的可行做法。

由於中小企業認為阻礙其研發的因素可分為成本、知識與市場三大面向，因此，改善其研發環境至少可透過以下做法進行：一、分攤企業研發風險、強化企業誘因：透過政府研發資源及創投基金導入，企業獲得研發經費挹注，分攤企業研發風險、強化企業誘因。二、匯集產業研發人才、提升企業能量：透過研發人才資料庫的建立，提供產業研發人才資訊，提升企業研發能量。三、強化研發法人、串聯供應鏈、橋接產學研：透過研發法人，連結上下游供應鏈、學術機構，規劃產業整體研發方向，提升研發經費投入效能。四、推動研發全責平台、降低研發交易成本、提升研發外溢效益：利用全責機構平台，綜整產業資訊分析、發掘產業需求、整合學研能量，進而達到研發技術加值整合、產品試作與實驗及研發導入與技術移轉，促進創新、創業。惟有透過研發環境的改善，最後才能達到促進南部地方產業轉型升級的效果，提升企業利潤、政府稅收與增進就業機會的社會與經濟價值。